表型:育种的起点和终点

2023-09-28

当DNA的双螺旋结构被徐徐打开,育种家也打随之打开了更多的法宝箱,育种技术的提升,品种也变得越来越多,越来越好,而最终能让某一个品种走向神坛的,却只有四个字:表现为王。表型,始终是育种家判卷的唯一标准,也是市场检验的唯一指标。

育种专栏 | 7-基因分型之靶向测序

2022-11-04

靶向测序是将一组目标基因或基因组区域分离出来,并进行富集和测序的方法。该方法使得研究人员将时间、费用和数据分析聚焦在感兴趣的特定区域(靶标区域、基因),利用较少的数据量就能得到较高的灵敏度和准确度,实现对变异位点的快速筛选。这些靶标区域通常包括外显子组(基因组的蛋白质编码部分)、感兴趣的特定基因(定制内容),以及基因或线粒体DNA中的目标区域等。

育种专栏 | 6-基因分型新技术:FBI-seq

2022-10-28

FBI-seq(Foreground and Background Integrated genotyping by sequencing),不是美国联邦调查局测序,而是整合前景与背景的基因分型测序。顾名思义,该项技术实现了对前景基因和遗传背景同时进行了检测和选择。前景与背景的选择在分子育种中是两个非常重要的步骤,目前育种家们往往需要分开独立地进行这两步:即首先筛选前景目标位点,然后开发大量的探针/诱饵/PCR引物进行背景基因型的检测,这些耗时长与高投入成本的准备工作大大延迟了育种项目的启动。

育种专栏 | 5-基因分型之低深度重测序

2022-10-21

使用高深度重测序的方法检出的基因型无疑是最全面的,但目前应用于动植物育种的成本过高,尤其是对那些具有复杂的、庞大基因组的物种而言。上期我们提到,研究人员通常利用独特的文库构建方法来进行简化基因组测序(RAD-seq),从而降低基因分型成本。但简化基因组数据量一般只有全部基因组的1~10%,仍然丢失了大量信息。混池测序(Pool-seq)虽说也是群体研究一种有效降低成本的方式,但无法对个体进行分析,这对于动植物育种而言作用不大。

育种专栏 | 4-基因分型之固相芯片

2022-10-07

首次听到“”基因芯片“”的外行人很容易将其与工业上集成电路的电子芯片联系起来,实际上它们除了都利用缩微技术使得外观比较像以外,其他没什么关系,纯属碰瓷。基因芯片又称为DNA 芯片、生物芯片或DNA微阵列等,是根据分子间的特异性相互作用的原理,将不连续的分析过程集成于硅或玻璃等固相芯片表面,以实现对细胞、蛋白质、基因及其他生物成分的准确、快速、大量的检测。根据特定的科研应用内容,基因芯片可以细分为微阵列比较基因组杂交( a-CGH) 芯片、microRNA 芯片、SNP芯片、表达谱芯片、DNA甲基化芯片和染色质免疫共沉淀芯片等。

育种专栏 | 3-分子标记发展及其特点

2022-09-30

通俗理解下,我们在日常生活中,去某个地方通常需要寻找某个标志性建筑来获得定位。同样地,寻找和定位分布在基因组染色体上的基因或位点也需要通过标记来导航,那么分子标记就是通过核苷酸等分子来进行标识的。多态性是标记最重要的特征,顾名思义,多态即多种状态,也就是差异性。一个基因/位点在不同材料中处于不同状态,具有差异,才能进行区分和比较。也就是分子标记的意义所在。

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