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飞过无人机后怎么办?-张志武教授做客百博智慧讲堂精彩回放

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2020-05-16 00:00


 

 

 

 

 

  张志武教授简介

  张志武教授,任教于华盛顿州立大学作物与土壤科学系,主讲统计基因组学,科学研究致力创新统计方法和计算工具,继而推动人类疾病的攻克和加速动植物基因组的遗传改良。张志武教授担任两大通用计算机软件TASSEL和GAPIT的作者和设计者,研究成果发表于Nature Genetics、Briefings in Bioinformatics和Plant Cell等著名学术期刊,文章被引用超万次。张志武教授承担多项美国联邦研究项目主持人,其中包括应用无人机与卫星遥感以及人工智能的植物育种。张志武教授亦担任美国农业部、加拿大农业部、英国生物科学技术委员会(BBSRC)、瑞士国家科学基金和中国国家自然基金项目评审人。自2015年起,被华盛顿州谷物协会授予统计基因组学杰出教授,享受特殊津贴。

 

 

 

  

  Q:1、无人机图像得到的dsm是用pix4d进行做差的吗?

  Answer: Pix4d 可以分别输出DSM和DTM这两个结果。如果要用这两个结果进行运算比如相减,可以使用开源的QGIS软件进行做差计算 (The answer was provided by ZhouTang: http://zzlab.net/zhoutang)

  

  Q:2、您觉得未来GS的发展方向是什么,现在有哪些挑战?

  Answer: It may go back to itsorigin, marker assisted selection with sufficient sample size and markerdensity.

  

  Q:3、我在采集无人机作物光谱图像后,需要获得作物高度,但是在之前没有采集dem,所以没办法做相减,请问我现在应该如果提取高度数据。

  Answer: 最简单的办法是Pix4d软件,它能从无人机图像中提取出DEM,包括DSM和DTM。不需要额外去采集DEM (The answer wasprovided by Zhou Tang: http://zzlab.net/zhoutang)

  

  Q:4、GWAS和表型参数之间有什么关联?您怎么看二者关系。

  Answer: Sorry, unclear which 表型参数 (heritability, average, variation?).I will be glad to make comments for a specific parameter.

  

  Q:5、请问在评价canopy area与biomass的相关性时,canopy area的分割精度如何?我们发现直接对无人机影像的图像分割往往存在较大的误差呢。

  Answer: Sorry, not evaluation yetexcept prediction accuracy.

  

  Q:6、如果我把种子,固定可以种子的坐标和种子的表型一一对应吗?

  Answer: Yes

  

  Q:7、能否做peanut的地下产量的表型?

  Answer: It is challenge.

  

  Q:8、无人机在检测果树果实品质和病虫害方面是否有所应用?

  Answer: Great potential.

  

  Q:9、GEBV是否可以作为表型值,做GWAS分析?然后,ssGBLUP或ssGWAS是否在张老师开放的软件中实现?

  Answer: GEBV can be used asdependent variables. Single step approach is under consideration by the currentleading author of GAPIT 3, Jiabo Wang (Email: wangjiaboyifeng@163.com).

  

  Q:10、请问通过dsm测的作物株高是小区的平均株高还是能做到测单株株高?株高的真实值是小区的平均株高吗,因为小区的每株的株高参差不齐,怎么确定真实值?

  Answer: This depends on ifindividual plants can be segmented individually. If not, Plot averages are thebest estimates.

  

  Q:11、无人机图像得到的dsm是用pix4d进行做差的吗?

  Answer: Yes

  

  Q:12、grid软件在哪里可以下载?

  Answer: http://zzlab.net/GRID

  

  Q:13、张老师您在处理苜蓿的多幅图像时,运行您自己的处理软件,以及pix4D软件时,需要什么性能的计算机呢?谢谢

  Answer: Most of the softwarepackages by Zhiwu Zhang Lab (http://zzlab.net)apply to super computer and regular computers, such as desktop or laptop. Adesktop is recommended PIX4D. 用于拼接的的电脑最低64G内存,可以同时跑2到3个项目。CPU的型号不是很确定,当前主流的CPU(i5, i7)应该都可以。然后一个项目的输出结果通常都有十几,二十多G,所以要留出足够的硬盘空间 (Theanswer was provided by Zhou Tang: http://zzlab.net/zhoutang).

  

  Q:14、GS应用时如何解决过度拟合的问题?

  Answer: Use a validate testingpopulation.

  

  Q:15、目前提取无人机图像的纹理信息,有什么比较好的方法或者算法吗?

  Answer: Sorry, no experiencesyet.

  

  Q:16、分析软件有mac版的吗?叫什么名字?

  Answer: Pix4D有mac版,但是功能不全。Windows版本是最全最新的 (The answer was provided by ZhouTang: http://zzlab.net/zhoutang).

  

  Q:17、GRID做小区分割的示例,小区间有明显的隔离区没有种植,如果没有隔离种植的小区能自动分割吗?

  Answer: 如果没有隔离种植,但是人眼可以看出小区间的差别,GRID可以帮助使用者手动的去调节行与列的分割格子(The answer was provided byZhou Tang: http://zzlab.net/zhoutang).

  

  Q:18、实际大田试验中地形变化是对作物信息提取的最大干扰,在图像处理中您如何处理这个问题呢?谢谢!

  Answer: Spatial regression

  

  Q:19、请问无人机测表型的时候,能获得叶片的具体性状么?比如叶面积,形态等

  Answer: Sorry, no experiencesyet.

 

 

飞过无人机后怎么办?PPT

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 


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